目前在全国推广使用的出口退税申报系统是由国家税务总局指定大连龙图信息技术有限公司（即出口退税申报系统开发单位），负责开发和改进的。而不是上海市国家税务局负责开发的，因此软件的更新和改进需要经总局批准。

为了方便纳税人申报，提高申报、审核质量。2006年起在全市试点推广出口退税网上预申报，现根据上海市国家税务局《关于本市2007年度出口退税网上申报推广工作安排的通知》（沪国税进【2007】13号）（文件请访问上海出口退税网查阅）的有关要求，在全市范围内推广使用出口退税网上申报。

上海市出口退税网上申报系统是指企业登录上海财税网指定页面（ 请访问上海出口退税网http://shanghai.taxrefund.com.cn 指定页面登录或直接访问http://www.etax.csj.sh.gov.cn:8000/ckts/index.jsp 登录），将总局版退税软件（包括生产企业和外贸企业）生成的申报文件发送到税务机关。

上海市出口退税网上申报系统仅仅是网页而不是软件，它仅仅是给企业提供了一种申报途径。

上海市出口退税网上申报系统的使用必须接入互联网，如果无法正常访问或者发送数据多数是由于用户的计算机网络设置造成的。有些情况下企业无法正常访问网上申报系统也可能由于网上申报后台更新某些网络控件造成的。因此企业需要经常关注上海出口退税网。

所以说上海市使用的出口退税网上申报系统和总局版退税软件没有必然关系。企业只是通过上海财税网的指定页面发送由总局版退税软件生成的申报数据而已。